Aplicaţia Amber 11 ajută cercetătorii din biofizică

Cercetările ştiinţifice extrem de laborioase din domeniul medicamentelor pot fi acum accelerate datorită lansării aplicaţiei AMBER 11, care le permite cercetătorilor să îşi tranforme sistemele personale în adevărate supercomputere. AMBER 11, cea mai nouă versiune a celei mai utilizate aplicaţii în domeniul bio-chimiei şi cercetării dinamicii moleculare, este optimizată pe unităţile de procesare vizuală NVIDIA, aplicaţia înregistrând performanţe de procesare de până la 100 de ori mai mari în comparaţie cu serverele de procesare tradiţionale, bazate pe CPU. Unităţile de procesare vizuală oferă acum unui desktop obişnuit performanţe care înainte erau rezervate doar supercomputerelor, îmbunătăţind astfel munca cercetătorilor prin eliminarea timpului de aşteptare pentru accesarea unui supercomputer comun sau a unei baze de severe.

"Resursele de procesare pe care le folosim sunt suprasolicitate în mod constant, forţându-ne să aşteptăm o zi sau chiar mai multe pentru a rula o simulare, adăugând astfel săptămâni în plus proiectelor noastre de cercetare", precizează Dr. Ross Walker, profesor cercetător în cadrul San Diego Supercomputer Center al Universităţii din California, San Diego şi un promotor al programului AMBER.

Aplicaţia AMBER 11 este concepută să utilizeze la maxim performanţele ultimei serii de unităţi de procesare vizuală NVIDIA Tesla™, care beneficiază de arhitectura de procesare paralelă CUDA™ în rularea sarcinilor complexe de procesare. În stadiile incipiente de testare în cadrul comunităţii utilizatorilor AMBER, Dr. Walker a înregistrat în medie o creştere de până la 30 de ori a vitezei de simulare a aplicaţiilor bio-moleculare.

"Datorită unităţilor de procesare vizuală, acum putem să realizăm cea mai mare parte a studiilor noastre pe calculatoarele personale, iar asta schimbă totul. Orice department de cercetare interesat să investească în resursele de procesare ar trebui să înceapă prin a oferi fiecărui cercetator o staţie de lucru bazată pe platformă GPU", a adăugat Walker.

Dr Walker a punctat că doar o singură unitate de procesare vizuală Tesla oferă la fel de multă putere de procesare cât 512 nuclee de procesor, în cazul simulării unei nanosecunde din viaţa unui nucelozom. Într-o simulare simplă tradiţională, precum testul JAC, s-a constatat că o singură unitate Tesla GPU oferă echivalentul de procesare a 48 de nuclee din supercomputer-ul NSF Ranger.

"Nivelul de îmbunătăţire a performanţei permite dezvoltarea unor noi scenarii de simulare în ştiinţă, iar studiile dezvoltate alături de Dr. Walker fac parte din această categorie de realizări," afirmă Andrew Cresci, general manager al diviziei vertical marketing NVIDIA. "Cu aplicaţia AMBER 11 cercetătorii pot să testeze mult mai multe ipoteze şi scenarii datorită vitezei oferite de untăţile de pocesare vizuală şi, cel mai important, datorită uşurinţei cu care se poate accesa o staţie de lucru bazată pe o platformă GPU."

Pentru mai multe informaţii privind aplicaţia AMBER 11 accesaţi: http://ambermd.org/gpus/. Pentru informaţii referitoare la iniţiativa NVIDIA, Tesla Bio Workbench, din care AMBER face parte, care îi ajuta pe cercetătorii din domeniul biofizicii şi chimiei să depăşească limitele cercetărilor actuale, prin intermediul utilizării unităţilor de procesare vizuală, vă rugăm să vizitaţi: http://www.nvidia.com/object/tesla_bio_workbench.html